В работе рассматриваются две задачи анализа данных геномного и метагеномного секвенирования — задача de novo сборки генома (сборка неизвестного генома) и задача сравнительного анализа метагеномов, которая возникает при анализе геномов микроорганизмов из почв, океанов, кишечника человека и т. д. Несмотря на то, что эти задачи в основном возникают у исследователей, работающих в области биологии, их использование в образовательных целях — необходимый шаг при обучении молодых медиков, биологов и биоинформатиков, а также для повышения квалификации специалистов из этих областей. В настоящей статье приводится обзор методов сборки генома и сравнительного анализа метагеномов, исследуется вопрос применимости существующих средств для обучающихся и предлагаются новые подходы к решению данных задач. Такие подходы использовались авторами при обучении студентов в Санкт-Петербургском политехническом университете Петра Великого. В работе также приводятся результаты экспериментов по сравнению предложенных подходов с известными. С. 5-15.

In this paper we address two problems of analyzing genome and metagenome sequencing data — de novo genome assembly problem (assembly of an unknown genome) and problem of comparative metagenome analysis which arises in the analysis of microorganisms in soil, sea, human gut, etc. Despite these problems are of interest to scientists working in the biology area, using them for education is essential for teaching medical students, biologists, bioinformaticians and also in the process of further training of specialists in this areas. In this paper we present a survey of methods for de novo genome assembly and comparative metagenome analysis, examine the possibility of using such approaches in educational processes and propose novel approaches for solving these problems. Proposed solutions have already been used for educating students in the Peter the Great St.Petersburg Polytechnic University. In this paper we also present the results of experiments of comparing proposed methods against known ones.